南京医科大学五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩。
学校建校八十余载，创建时名江苏省立医政学院。1957年，由镇江迁至南京五台山，更名为南京医学院。此后，陆续被列为全国首批六年制医药院校，被批准为全国首批博士、硕士学位授予单位，为首批教育部、国家卫生健康委与省政府共建医学院校和江苏高水平大学建设高校。1993年更名为南京医科大学。2015年，学校办学重心迁移至江宁校区，五台校区发展规划随之调整。江宁校区环天元湖东段道路命名为“五台路”，铭记了1957年学校迁址南京五台山边成立南京医学院，到2015年办学重心南迁近六十年南医精神传承和跨越式发展的历史。
五台校区功能定位为教学、科研、临床、成果转化和社会服务。目前常驻学院、部门和单位有第一临床医学院、第四临床医学院、儿科学院、医学影像学院、口腔医学院、康复医学院、国际教育学院、继续教育学院，江苏省临床医学研究院、二附院五台实验平台，转化医学研究院、司法鉴定所、康本检测所，保卫处、离退休工作处、门诊部、图书馆、信息化建设与管理处，附属口腔医院、附属眼科医院、附属友谊医院、第一附属医院生殖医学中心，资产经营公司等。
五台校区实行条线管理为主的管理模式，即“各业务主管部门正常业务延伸管理与管委会协调管理相结合”的工作原则。2016年4月，为切实加强五台校区的管理，学校成立五台校区管理委员会。五台校区管理委员会由两位校领导和相关学院、职能部门负责人组成，执行机构为五台校区管理办公室，负责执行管委会的决议，协调校区日常事务。